Der Naturpark wird von zwei Gewässern bestimmt. Der Hintere Riedingbach entspringt bei der Wasserfallscharte und erreicht nach 8,5 km den Schlierersee. Auf seinem Weg nimmt er zahlreiche Seitenbäche auf, fließt grötenteils unverbaut zu Tal und ist von großer ökologischer Bedeutung.

Neben dem Schlierersee gibt es über 40 natürliche Seen oder Tümpel im Naturpark. Zu den größten zählen der Riedingsee, die Boarnlacke, der Rothenwändersee, die Esser Seen, der Zaunersee, der Hoislsee und der Ilgsee. Kleinere Tümpel prägen das romantische Landschaftsbild. Sie werden von Schneefeldern, kleine Gewässeren oder Quellen gespeist. Für einige Amphibien, wie dem Grasfrosch oder dem Bergmolch dienen die kleinen Gewässer als Laichhabitate.

Der hintere Zederhausbach entwässert bis zur Mündung ein Gebiet von 162 km². Gespeist wird er von zahlreichen kleinen und größeren Nebengewässern die in großer Dichte im gesamten Talraum auftreten. Bis zur Schliereralm ist das natürliche Abflussregime nur durch zwei Kleinkraftwerke (private Energiegewinnung) gestört. Im Bereich der Schliereralm wird ein Teil des Wassers in einem Stausee zurückgehalten und von hier aus unterirdisch zum Kraftwerk der Salzburg AG in Zederhaus geleitet.

Der Vordere Riedingbach entspringt unterhalb der Riedingscharte. Aufgrund des kleinen Einzugsgebietes und der geologischen Situation (vorwiegend Wetterstein-dolomit) schwillt das zeitweise trocken fallende Gewässer bei Starkniederschlägen binnen kürzester Zeit stark an. Der damit verbundene hohe Geschiebetrieb erfor-derte den Bau eines Retentionsbeckens vor der Einmündung in den Stausee bei der Schliereralm.